Aperto nel 1953, è una realizzazione museologica molto originale di Caterina Marcenaro e Franco Albini e propone soluzioni fra le più raffinate del XX secolo. Si sviluppa in ambienti sotterranei, aperti su un ambiente centrale a pianta esagonale, rivestite di pietra di Promontorio, lo scuro materiale da costruzione tipico della Genova medievale. Entro questa cornice suggestiva, isolati dalla illuminazione, sono esposti oggetti legati al culto e alla storia di Genova. Tra i reperti più significativi, il Sacro Cayino, considerato una reliquia dell'ultima cena; il piatto di San Giovanni Battista sul quale fu offerta ad Erode la testa del profeta; l'Arca delle Ceneri di San Giovanni Battista (in argento), forse donata alla cattedrale da Federico Barbarossa.