Creato in occasione dell'Expo 92 su progetto di Renzo Piano e dell'architetto americano Peter Chermayeff per la parte più strettamente tecnica, ha la forma di un vascello ancorato nel porto e proteso verso il mare aperto. È il più grande acquario d'Europa , visitato ogni anno da più  di un milione di persone. Far scoprire e amare il mare e rendere consapevoli i visitatori di quanto l vita degli uomini sia legata agli oceani sono gli scopi pèienamente raggiunti che lo staff si propone. Ci si muove fra spettacolari ricostruzioni dei diversi ecosistemi del pianeta che rendono possibile una visione ravvicinata e inedita di animali , ambienti e fondali.
La vasca dei delfini: l'ambiente ricreato è davvero accogliente se per due volte (nel 1994 e nel 2002) la delfina tursione Bonnie, proveniente dal delphinarium di Riccione, ha dato alla luce un piccolo proprio nella vasca espositiva.
La scogliera corallina del Madagascar è una zona coloratissima dell'accquario: il corallo e habitat ideale per innumerevoli specie di pesci, fra i quali la murena, il pesce palla. Diu front è allestito il nuovo terrario con specie endemiche dell'isola.
La Grande Nave Blu è una vera nave di cui l'acquario si è arricchito nel 1998. Ben 2500 mq di esposizione, con 19 vasche.
La foresta umida del Madagascar ricostruisce l'habitat di quest'isola africana che abbonda di specie vegetali e animali uniche al mondo.
vasca tattile: una delle attrazioni più affascinanti: consente di toccare con mano razze, gallinelle, rombi e altri pesci che si avvicinano con grande confidenza alle mani dei visitatori.
I pinguini sono ospitati al secondo piano di Humboldt, provenienti dal Cile e dal perù e non abituati ai ghiacci.
Vasca degli squali: la vasca mostra l'incredibile varietà di animali di origina antichissima, diffusi anche nel mediterraneo con ben 50 specie di cui tre sono presenti nell'acquario.
Vasca delle foche: nel luglio del 2001 Penelope è venuta alla luce grazie al primo intervento al mondo di parto cesareo su un esemplare di Phoca vitulina. Dopo un periodo di permanenza nella nursery, dove è stata seguita e nutrita dai veterinari e dai biologi dell'Acquario, la piccola foca è stata messa nella vasca espositiva con le compagne.